根据中国税法规定，农民工个税的养老和合作医疗扣除是按照一定比例进行的。养老保险扣除比例为8%，即工资的8%作为养老保险费用，个人所得税在计算时会扣除这部分费用。合作医疗扣除比例为2%，即工资的2%作为合作医疗费用，个人所得税在计算时也会扣除这部分费用。这样，农民工在缴纳个人所得税时，可以享受养老和合作医疗的税前扣除优惠，减轻个税负担。
农民工专户是从基本户中划拨出来的一个二级子账户，不属于一般户。基本户用于企业或单位的主要资金往来，而农民工专户专用于发放农民工工资，具有资金专款专用、支付便捷、监管容易等特点。农民工专户的开立和管理受到相关法律法规的严格约束，以保障农民工工资的及时足额发放。