港澳通行证的有效期是3年，这意味着在获得港澳通行证之后的三年内，可以多次往返港澳地区。
此外，港澳通行证上标注的有效期指的是准予持有者入境港澳地区的有效期限，与旅行期间的停留期限无关。若想知道港澳通行证当前的有效期，可以参考港澳通行证上的“有效期至”字段，它指的是港澳通行证的有效期限截止日期。
另外，港澳通行证也有特殊的有效期，如果有需要，申请人可以选择一次性有效期1年、2年、5年或10年的港澳通行证。
有效期
港澳通行证的有效期指的是证件本身的有效期限。对于成年人来说，电子往来港澳通行证的有效期通常为10年，而对于未满16周岁的人士，仍然签发5年的有效通行证。自2014年9月15日起，全面启用了电子往来港澳通行证，且成年人的电子通行证有效期由此前的5年延长至10年。需要注意的是，如果通行证有效期不足6个月或有空白签注页不足，则需要按照首次申请的程序办理新的通行证并申请签注。
签注有效期则指持证人可以在一定时间内多次往返港澳的有效时间限制。签注分为多种类型，如个人旅游(G)、探亲(T)、商务(S)、团队旅游(L)、其他(Q)、逗留(D)，并且每种签注都有不同的有效期选项。以一年一次的签注为例，它并不是说持证人只能在一年内访问一次，而是表示该签注的有效期为一年，持证人可以在这一年内任意时间段前往港澳，并且在每次入境后均可重新申请签注，直至签注失效为止
有以下几种方法查询。
1、自助终端机查询
为方便持证人掌握签注的使用情况，内地公安机关出入境管理部门在出境大厅安装了自助查询终端机。持用电子往来港澳通行证的旅客只需将证件置于终端平台上，即可方便快捷地详细掌握自己的签注使用情况和签注剩余次数，并可为持证人打印提示条。
2、口岸自助咨询台
港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸(主要是海港码头口岸)设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务。相关资料通过计算机屏幕供持证人阅读，不提供打印的提示条。
3、出入境管理部门查询
可通过在各省市的出入境管理部门，携带通行证向大厅工作人员查询。
4、微信电子查询
可以通过关注该省市出入境微信公众号查询的。例如广东居民可在微信卡包-电子港澳通行证中即可查看港澳签注剩余次数，避免用户忘记签注已经用完的情况发生。