参考文献标红不会影响查重率，因为查重系统是基于文本相似度原理运作的，它会将论文中的文字与已有数据库中的文本进行比对，判断是否存在相同或相似部分。
而参考文献通常被放在文章末尾，对整体文章的查重结果影响不大，因此无论是标红还是不标红都不会影响查重率。但需要注意的是，在写作时应遵守相关参考文献的格式规范，并在引用他人文章时注明出处和作者信息，以避免学术不诚信行为。
在论文降重中，对于参考文献的降重主要有以下几种方法：
直接删除：对于一些不太重要或者与论文内容关系不大的参考文献，可以删除或替换。
改写句子：对于一些重要的参考文献，如果不能删除，我们可以对其进行改写。比如，将长句变为短句，或者将短句变为长句，这样可以在一定程度上降低查重率。
翻译外文文献：将参考文献翻译成英文，然后再翻译回中文，这样就可以得到一份与原文大意相同，但表达方式不同的文献。
插入图片：对于一些文字描述较为复杂的参考文献，可以将其转化为图片插入文中。由于查重系统通常不检测图片内容，所以这样可以在一定程度上降低查重率。
更换词语：在保持句子意思不变的前提下，可以替换一些关键词汇，以达到降低重复率的效果。
调整句子结构：比如，将复合句变为简单句，或者将简单句变为复合句，这样可以有效地降低论文的重复率。
翻译多义词：在保持句子意思不变的前提下，可以使用多义词来替换原文中的词汇，以达到降低重复率的效果。
使用智能降重工具：现在有很多智能降重工具，如百度大脑、OpenAI等，它们可以通过自然语言处理技术，快速有效地降低论文的重复率。
请注意，降重的同时需要注意保持论文的连贯性和可读性，不能为了降重而降低论文的整体质量。同时，一定要尽量保持原文的准确性和权威性。
在学术论文中，参考文献的标注通常是采用特定的格式和规范，比如APA、MLA等，其中通常不包括标红等特殊格式。因此，将参考文献标红可能会影响论文的格式规范和专业性，但通常不会对论文的查重率产生影响。
查重系统通常会忽略参考文献等引用内容，主要关注论文主体部分的文本内容，因此参考文献标红通常不会被视为论文抄袭或剽窃的标志。然而，为了确保论文的专业性和规范性，建议在引用参考文献时遵循特定的格式和规范，不要进行不必要的特殊格式标注。