在换水的过程中，我们应该根据不同的鱼缸和鱼儿的情况来定量，以免对它们造成伤害。
大体上，如果鱼缸较小，比如20升以下的鱼缸，我们每次最多换掉50%的水，因为其中的生物质容易被破坏，鱼儿也可能因为水质改变而受到伤害。
而对于较大的鱼缸，比如200升以上的大缸，则可以每次换掉10%到20%的水，这样可以保持水质的清洁，同时又不至于让水中的盐度、温度、pH值等参数波动过大，对鱼儿造成不利影响。
鱼缸换水一般是从主缸抽水，然后给底滤缸加水。无论是哪种过滤，都要定期进行换水，否则水质老化严重，虽然看起来清澈，但里面含有大量的氨氮等有害物质，会对鱼儿的健康不利。有过滤的情况下，换水不用太频繁，通常两周换一次，每次可以换掉四分之一左右。
春夏季节给鱼缸换水时可以紧凑一些，在秋冬季节换水可以稍微缓和几天(除非鱼缸污染严重，需要彻底清洁)，一般情况下如果鱼缸运作正常，那么每次换水只要更换旧水的四分之一左右即可。