西安地铁三号线有水的原因可能有两个：

地铁施工时，为了保护地下水资源和生态环境，通常会设置降水井和回灌井。降水井用于抽取地下水以降低地下水位，确保施工安全；而回灌井则用于将抽取的地下水经过处理后重新注入地下，以补充地下水资源。

所以，西安地铁三号线的隧道里可能会有水，这些水可能是从降水井和回灌井中抽取和回灌的地下水。

地铁隧道穿越地层时，可能会遇到含水层或暗河等地下水源。为了保障施工安全，通常会采取降水措施，即将地下水抽出以降低地下水位。在某些情况下，地下水可能会渗入地铁隧道内部，导致隧道内部出现积水。

总之，西安地铁三号线内部出现水的原因可能与地下水处理、降水措施等因素有关。为了保障地铁运营安全，通常会采取相应的措施来处理和排除隧道内部的积水。