企业年金个人缴纳部分是税前扣除。根据《个人所得税法》规定，企业年金个人缴纳部分可以在计算个人所得税时先扣除，即在计算应纳税所得额时可以先减去企业年金个人缴纳部分，再按照税率计算个人所得税。这样可以有效降低个人所得税的负担。但是需要注意的是，企业年金个人缴纳部分的扣除额度有限制，不能超过个人当年工资、薪金所得的12%。
在不超过本人缴费工资计税基数的4%标准内的部分，暂从个人当期的应纳税所得额中扣除。其中，个人缴费工资计税基数不得超过参保者工作地所在城市上一年度职工月平均工资的3倍。各市地税局将根据各市统计局数据每年7月份调整上一年度职工月平均工资的3倍扣除限额标准。企业年金、职业年金缴费工资超限额部分比照住房公积金超限额缴费基数调整时间执行，即以7月1日到次年6月30日为执行周期。