在于它们的企业主体不同。
个体企业号是指个人独资经营的企业，法律上视为自然人；而公司企业号则是指由两个及以上的自然人、法人或其他组织共同投资、共同经营的企业，法律上视为法人实体。
因此，个体企业号和公司企业号在注册登记、财务纳税、法律责任等方面有所不同。
此外，公司企业号的组织管理和决策机制也更为规范和严格，而个体企业号的决策则通常由企业主自行决定。
主要在于其法律实体不同因为个体企业号属于个体工商户，其所有权归属于个人，没有独立的法律实体，所以企业与个人财产权和赔偿责任是混淆的，并且个体企业一般规模较小，往往只具备单纯经营能力；而公司企业号则是具有独立法律实体的企业，其所有权及财务责任与股东无关，一般规模较大，具备完整的企业运作架构及经营能力。
此外，个体企业号申请简单、手续较为简便，但没有公司企业号的品牌效应和公信力。
相比之下，公司企业号的品牌形象更有重量，更容易获得公众信任，是长期稳定发展的重要保障。
是个体企业号是一个人开设的企业，其责任和收益由单个人承担；而公司企业号是多个人共同经营的企业，责任和收益由公司所有人共同承担。
个体企业不需要注册资本，可以自行设立，但企业存续期有限；公司企业需要在注册时缴纳注册资本，具有独立的法人资格和长期稳定的经营基础。