1、小微企业员工入股可以按照股份的比例进行分配。根据相关法律规定，公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金，并按照实缴比例分配。
2、法律依据：《公司法》第一百六十六条，公司分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。
公司的法定公积金不足以弥补以前年度亏损的，在依照前款规定提取法定公积金之前，应当先用当年利润弥补亏损。
2. 协商退股是指股东与企业协商达成一致，由企业按照约定的方式回购股份；转让退股是指股东将其持有的股份转让给其他人；赠与退股是指股东将其持有的股份无偿赠与给其他人。
（一）领取《公司变更登记申请表》（工商局办证大厅窗口领取）；
（二）变更营业执照（填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理）；
（三）变更组织机构代码证（填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理）；
（四）变更税务登记证（拿着税务变更通知单到税务局办理）；