可以。科室负责人只是个工作职务，是属于管理岗，临时工所做的工作，既有体力劳动的岗位，也有管理岗位，如果临时工有管理能力，当然可以当科室负责人。
临时工合同也是劳动合同工。
自《劳动合同法》实施后，过去意义上的相对于正式工而言的“临时工”已不复存在，临时用工也是劳动合同工。
劳动合同是指劳动者与用人单位之间确立劳动关系，明确双方权利和义务的协议。订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。劳动合同应当以书面形式订立，并具备以下条款：
（一）用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；
（二）劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；
（三）合同期限；
（五）工作时间和休息休假；
（六）劳动报酬；
（七）社会保险；
（八）劳动保护、劳动条件和职业危害防护。
因此，“临时用工协议”在具备以上条款的情况下应视为劳动合同，适用《劳动合同法》的相关规定。