硝化细菌胶囊采用休眠技术，保质期长达4年，因此更易于保存和运输。而硝化细菌液体则相对便宜，但其有效期较短。
在使用效果上，液体硝化细菌在水中扩散更快，效果更明显。这是因为硝化细菌需要同时满足水分与氧气的供应才能存活，而液体形式更有利于这种供应。
硝化细菌砖可以直接放入水中，因为它们是设计用于水族箱、鱼缸或者其他水体中的生态滤材，用来帮助维持水质和生态平衡。硝化细菌砖是由高活性菌株和陶瓷颗粒组成，通过这个细菌种群可以将鱼类排泄物、食物残渣和其他有害物质转化为无害的氨、亚硝酸和硝酸盐等物质，从而净化水质。所以，硝化细菌砖可以直接放入水中，经过一定的时间，它就能充分发挥作用，净化水质，提高水中生态环境，为水生生物提供一个健康、舒适的生境。