1、申请对象不同：保障房的申请对象是本市城镇低收入住房困难家庭，而公租房的申请对象不受区域与户籍限制。
2、收入限制标准不同：主城区申请保障房的收入限制标准为家庭人均月收入低于450元；申请公租房的收入限制标准为单身人士月收入低于2000元，家庭月收入低于3000元。
3、交纳的租金不同：保障房月租金标准约为0.8—1.2元/㎡。公租房的租金标准根据贷款利息、维护费等因素而定，不超过同类地段、同等品质房屋租金的60%，并实行动态调整。
深圳的保租房一般指公租房，是一种保障性住房，是为城镇中那些低收入人群且住房有困难的朋友准备的。
一般情况下，深圳公租房的租赁总年限不超过5年。公租房租赁总年限不超过5年，廉租房租赁总年限则没有明确标准。
深圳的保障性租赁住房申请条件如下：
1. 申请人及其配偶、未满十八周岁的子女均未在本市拥有自有住房（含住房建设用地），且在申请受理日之前三年内未在本市转让过或者因离婚分割过自有住房。
2. 申请人及其配偶、未满十八周岁的子女均未正在本市享受住房保障优惠政策，但承租社会主体出租的保障性租赁住房的除外。
3. 申请人按照规定在本市正常缴纳社会保险（养老和医疗保险或者医疗保险，不含少儿医疗保险），但在本市退休的除外。
4. 申请人具备市人民政府规定的人才引进迁户核准条件。
5. 法律、法规、规章和市人民政府规定的其他条件。
需要注意的是，申请人及其配偶、未满十八周岁的子女均未正在本市享受住房保障优惠政策，但承租社会主体出租的保障性租赁住房的除外这一条件是申请社会主体出租的保障性租赁住房的申请条件之一，而不是申请政府组织配租的保障性租赁住房的申请条件。